A faculdade de Agroecologia EaD pode ser feita pelo Ambiente Virtual de Aprendizagem (AVA) de cada instituição. Neles, os professores disponibilizam o material das disciplinas e geralmente fazem encontros ao vivo para explicação do conteúdo e eliminação de possíveis dúvidas.
Cursos presenciais dispõem de um relacionamento mais próximo entre alunos e professores. Além disso, é possível aproveitar toda a infraestrutura oferecida pela instituição, especialmente em disciplinas mais práticas. Já os cursos EaD oferecem uma metodologia de ensino baseada na tecnologia, e a inclusão de alunos com deficiência e de menor renda é mais recorrente. Também existem os fatores de comodidade e flexibilidade, que são bastante positivos.
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